La Sección Quinta del Consejo de Estado declaró nulo el acto que lo nombró en ese cargo a Leopoldo Munera quien había sido respaldado por el Gobierno de Gustavo Petro en el pulso frente a Ismael Peña por el cargo de rector de la Universidad Nacional de Colombia, la institución de educación pública superior más importante de Colombia.
José Ismael Peña fue elegido rector de la Universidad Nacional, sin embargo este hecho detonó en un enfrentamiento por parte del gobierno nacional. El Gobierno de Gustavo Petro, que preside el órgano colegiado y tiene tres representantes, decidió desconocer la legitimidad de dicha elección. Esto se reflejó en la negación de la ministra de Educación del momento, Aurora Vergara, a firmar el acta. Peña optó por acudir ante un notario para formalizar su posesión , lo cual, generó el rechazo de un sector de la comunidad estudiantil. En junio, gracias a la elección de una nueva representante estudiantil en el Consejo Superior del alma mater, se anuló la designación de Peña y se nombró a Múnera.
En su decisión del Consejo de Estado señaló que el consejo superior de la Universidad Nacional incurrió en una serie de irregularidades al retomar el proceso de elección del rector de la Universidad Nacional, el cual, culminó el 21 de marzo de 2024 con la designación de José Ismael Peña Reyes. “Su competencia ya se había agotado (…) Estando culminada la actuación, no era posible corregirla, menos retomarla”, se lee en el fallo.
De acuerdo con la sentencia del Consejo de Estado, el acto de elección de José Ismael Peña se consumó y debió respetarse, dado que las normas en las que se amparó el Consejo Directivo de la Universidad Nacional para corregir supuestas “irregularidades administrativas” en el concurso sólo podían aplicarse antes del acto definitivo de elección de José Ismael Peña, y no cuando ya lo habían elegido.
En una entrevista con el periódico El Tiempo, Peña ha celebrado la decisión del Consejo de Estado y ha señalado: “Vamos a tratar de buscar unos acuerdos de comunicación y, si es posible, hacer un proceso de reconciliación entre todos”. Por su parte, Múnera ha anunciado que acatará la decisión, pero ha puesto en duda que Peña regrese al cargo
